第三十二條　國務院有關部門和長江流域地方各級人民政府應當采取措施，加快病險水庫除險加固，推進堤防和蓄滯洪區建設，提升洪澇災害防御工程標準，加強水工程聯合調度，開展河道泥沙觀測和河勢調查，建立與經濟社會發展相適應的防洪減災工程和非工程體系，提高防御水旱災害的整體能力。

第三十三條　國家對跨長江流域調水實行科學論證，加強控制和管理。實施跨長江流域調水應當優先保障調出區域及其下游區域的用水安全和生態安全，統籌調出區域和調入區域用水需求。

第三十四條　國家加強長江流域飲用水水源地保護。國務院水行政主管部門會同國務院有關部門制定長江流域飲用水水源地名錄。長江流域省級人民政府水行政主管部門會同本級人民政府有關部門制定本行政區域的其他飲用水水源地名錄。

長江流域省級人民政府組織劃定飲用水水源保護區，加強飲用水水源保護，保障飲用水安全。

第三十五條　長江流域縣級以上地方人民政府及其有關部門應當合理布局飲用水水源取水口，制定飲用水安全突發事件應急預案，加強飲用水備用應急水源建設，對飲用水水源的水環境質量進行實時監測。

第三十六條　丹江口庫區及其上游所在地縣級以上地方人民政府應當按照飲用水水源地安全保障區、水質影響控制區、水源涵養生態建設區管理要求，加強山水林田湖草整體保護，增強水源涵養能力，保障水質穩定達標。

第三十七條　國家加強長江流域地下水資源保護。長江流域縣級以上地方人民政府及其有關部門應當定期調查評估地下水資源狀況，監測地下水水量、水位、水環境質量，并采取相應風險防范措施，保障地下水資源安全。

第三十八條　國務院水行政主管部門會同國務院有關部門確定長江流域農業、工業用水效率目標，加強用水計量和監測設施建設；完善規劃和建設項目水資源論證制度；加強對高耗水行業、重點用水單位的用水定額管理，嚴格控制高耗水項目建設。

第三十九條　國家統籌長江流域自然保護地體系建設。國務院和長江流域省級人民政府在長江流域重要典型生態系統的完整分布區、生態環境敏感區以及珍貴野生動植物天然集中分布區和重要棲息地、重要自然遺跡分布區等區域，依法設立國家公園、自然保護區、自然公園等自然保護地。

第四十條　國務院和長江流域省級人民政府應當依法在長江流域重要生態區、生態狀況脆弱區劃定公益林，實施嚴格管理。國家對長江流域天然林實施嚴格保護，科學劃定天然林保護重點區域。

長江流域縣級以上地方人民政府應當加強對長江流域草原資源的保護，對具有調節氣候、涵養水源、保持水土、防風固沙等特殊作用的基本草原實施嚴格管理。

國務院林業和草原主管部門和長江流域省級人民政府林業和草原主管部門會同本級人民政府有關部門，根據不同生態區位、生態系統功能和生物多樣性保護的需要，發布長江流域國家重要濕地、地方重要濕地名錄及保護范圍，加強對長江流域濕地的保護和管理，維護濕地生態功能和生物多樣性。

第四十一條　國務院農業農村主管部門會同國務院有關部門和長江流域省級人民政府建立長江流域水生生物完整性指數評價體系，組織開展長江流域水生生物完整性評價，并將結果作為評估長江流域生態系統總體狀況的重要依據。長江流域水生生物完整性指數應當與長江流域水環境質量標準相銜接。

第四十二條　國務院農業農村主管部門和長江流域縣級以上地方人民政府應當制定長江流域珍貴、瀕危水生野生動植物保護計劃，對長江流域珍貴、瀕危水生野生動植物實行重點保護。

國家鼓勵有條件的單位開展對長江流域江豚、白鱀豚、白鱘、中華鱘、長江鱘、鯮、鰣、四川白甲魚、川陜哲羅鮭、胭脂魚、鳤、圓口銅魚、多鱗白甲魚、華鯪、鱸鯉和葛仙米、弧形藻、眼子菜、水菜花等水生野生動植物生境特征和種群動態的研究，建設人工繁育和科普教育基地，組織開展水生生物救護。

禁止在長江流域開放水域養殖、投放外來物種或者其他非本地物種種質資源。

第四十三條　國務院生態環境主管部門和長江流域地方各級人民政府應當采取有效措施，加大對長江流域的水污染防治、監管力度，預防、控制和減少水環境污染。

第四十四條　國務院生態環境主管部門負責制定長江流域水環境質量標準，對國家水環境質量標準中未作規定的項目可以補充規定；對國家水環境質量標準中已經規定的項目，可以作出更加嚴格的規定。制定長江流域水環境質量標準應當征求國務院有關部門和有關省級人民政府的意見。長江流域省級人民政府可以制定嚴于長江流域水環境質量標準的地方水環境質量標準，報國務院生態環境主管部門備案。