事件發生后，對博物館爆炸事件的處理以及隨后發生的事件，使得因中美兩國元首互訪而呈上升趨勢的兩國關系驟然惡化,中國認為這是一次蓄意轟炸，可能是為了報復中國此前反對北約轟炸南斯拉夫，因此向美國提出強烈抗議,因此，前南斯拉夫被分成五個獨立的國家,科索沃戰爭是由科索沃危機引發的，而科索沃危機的根源是南聯盟的解體。
中國認為這是一次蓄意轟炸，可能是為了報復中國此前反對北約轟炸南斯拉夫，因此向美國提出強烈抗議。說明是北約誤炸，因為用了一張過期的中情局地圖，而中國大使館距離北約轟炸的真正目標——南聯盟軍方總部只有180米，兩棟建筑大小形狀都很像。大赦國際支持北約的解釋，同時譴責北約沒有采取適當措施保護無辜民眾的生命。事件發生后，對博物館爆炸事件的處理以及隨后發生的事件，使得因中美兩國元首互訪而呈上升趨勢的兩國關系驟然惡化。但到了1999年年底，雙方關系逐漸恢復。北約對使館爆炸事件中的受害者和受傷者進行了經濟賠償，并對中國駐南斯拉夫大使館受損的館舍進行了賠償。中國政府也對抗議者損壞的美國館舍進行了賠償。
科索沃戰爭是由科索沃危機引發的，而科索沃危機的根源是南聯盟的解體。作為東歐劇變的一個組成部分，1945年成立的南斯拉夫聯盟共和國在1991年迅速解體。1991年6月25日，斯洛文尼亞和克羅地亞率先宣布脫離聯邦獨立；1991年10月15日和11月20日，波黑和馬其頓宣布獨立。1992年4月27日，塞爾維亞和黑山兩個共和國宣布聯合組建“南斯拉夫聯邦共和國”。因此，前南斯拉夫被分成五個獨立的國家。
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