東寨港自然保護區主要紅樹林植物有16科，分別為田基黃、蓮、蓮、秋茄、山茱萸、馬鞭草科白骨壤、紫金牛科刺桐、大戟科漆樹、杜松科李樹、棕櫚科椰子等,東寨港自然保護區鳥類種類繁多，其中屬于國家二級保護的珍稀瀕危鳥類有棕翅鴉、小鴉、黃嘴白鷺、黑面琵鷺、白琵鷺、黑嘴鷗等,東寨港國家級自然保護區屬于近海和濱海濕地中的紅樹林沼澤濕地，主要保護對象為紅樹林和水禽。

東寨港自然保護區主要紅樹林植物有16科，分別為田基黃、蓮、蓮、秋茄、山茱萸、馬鞭草科白骨壤、紫金牛科刺桐、大戟科漆樹、杜松科李樹、棕櫚科椰子等。這些樹形成了自己獨特的生命。由于這些樹木生長在海灣和河口，長期受到海水儲存和繁殖能力的影響，紅樹林常年生長良好。紅樹林以縱橫交錯的方式在沙灘上生根，樹干基部有發達的柱根、呼吸根和氣生根。抵御風浪，滿足自身對空氣的需求；厚而硬的葉子可以減少水分蒸發，葉子上有很多排鹽腺，可以將海水中的鹽分排出。紅樹林的繁殖是獨一無二的。當果實成熟時，種子在果實中發芽，長出幼苗，它們一起落入海灘上的淤泥中，幾個小時后就能生根發芽。這種繁殖方式在植物中很少見，人們稱之為“胎生樹”。

東寨港國家級自然保護區屬于近海和濱海濕地中的紅樹林沼澤濕地，主要保護對象為紅樹林和水禽。世界上有23科81種紅樹林，海南有23科41種，最高可達10米。許多紅樹林有一種奇特的“胎生”繁殖現象。種子在母樹上的果實中發芽長成幼苗后，就和果實一起從樹上掉下來，插入泥灘中2到3個小時才能長成新植株。如果掉到海里，就隨波逐流，幾個月不死，遇到泥就生根發芽。中國有16科32種紅樹植物，面積最大，種類最全，保存最好。其中，水椰子、紅梅、海南海桑、蛋葉海桑、海桑、苦楝、紅樹林和鹽鹵蕨為珍貴樹木。海南海桑和喜樹為海南特有。本區主要的紅樹林群落有木欖群落、荷花群落、山茱萸群落、秋茄群落、紅芪群落、鹽蕨群落、桐花樹群落、李梅群落、巖黃芪群落、山茱萸群落、海桑群落和秋茄群落。

東寨港自然保護區鳥類種類繁多，其中屬于國家二級保護的珍稀瀕危鳥類有棕翅鴉、小鴉、黃嘴白鷺、黑面琵鷺、白琵鷺、黑嘴鷗等。有海南巨松鼠、海南水獺、狗蝠等哺乳動物，其中海南水獺為國家二級保護動物，兩棲動物主要有斑點腿樹蛙、變色樹蜥和澤蛙。爬行動物以蛇為主，主要是金環蛇、眼鏡蛇、蟒蛇，該地區的魚類大多具有較高的經濟價值，如鰻魚、石斑魚、鱸魚等。大型底棲動物主要有沙蠶、泥蚶、牡蠣、蛤蜊、蝸牛、對蝦、螃蟹等，具有較高的經濟價值。