上海第六人民醫院的特色科室醫院設有上海交通大學市六臨床醫學院、上海婦科疾病研究所，技術合作醫院、上海市糖尿病研究所、中國上海國際四肢顯微外科培訓中心、上海市醫學超聲培訓中心、上海交通大學影像醫學研究所、上海交通大學耳鼻咽喉研究所、上海交通大學創傷骨科研究所和上海交通大學糖尿病研究所。是上海交通大學、上海中醫藥大學及蘇州大學的研究生教育基地，有博士培養點31個，博士生導師58位，碩士培養點45個，碩士生導師130位。也是全國醫學進修基地之一，每年承擔近60項國家級繼續醫學教育項目。醫院的骨外科、內分泌與...